Bei vielen Webhostern, zum Beispiel All-Inkl, wird bei FTP Rechten zwischen 2 verschiedenen FTP Benutzern unterschieden: dem eigenen FTP Account von All-Inkl und dem PHP-User („www-data“), der von Scripten genutzt wird.
Das Thema hatte ich schonmal in „All-Inkl Besitzrechte (FTP) nach WordPress Umzug“ angegriffen, allerdings auf eine ungünstige Art und Weise.
Den Besitzer der betroffenen Dateien/Ordner von dem FTP Account auf die PHP-User umzustellen mag zwar eine Zeit lang helfen. Wenn man jedoch an dieser Datei/Ordner noch etwas ändern/hinzufügen möchte – dann natürlich wieder mit dem normalen FTP-Benutzer – muss man den Besitzer wieder auf den FTP Account zurücksetzen.

Beispiel: wp-content/plugins/testplugin möchte jede Sekunde eine .log Datei beschreiben. Diese kontinuierlichen Änderungen werden natürlich austomatisch von einem Script getan. Dazu muss das Script also Ändern-Rechte auf diese Datei haben. Meine alte Lösung: Den Besitzer des Ordner ‚testplugin‘ einfach auf den PHP-User „www-data“ setzen und dann hat das Script alle Rechte. Möchte ich jetzt aber eine Datei in diesen ‚testplugin‘ Ordner hochladen oder das Plugin automatisch updaten oder iiirgendetwas in der Art … Pustekuchen, Ende im Gelände.

Neue Lösung:
Ach, .htaccess ist schon ein tolles Ding! Um die Rechte der Scripts anzupassen reicht 1 Zeile:

AddHandler php5-cgi .php

Ersetzt die 5 ggf. mit der PHP Version, die auf eurem Server läuft. Nun haben alle PHP Scripte die nötigen Rechte.
Wenn nur einzelne Dateien von diesen Änderungen betroffen sein sollen könnt ihr auch folgendes machen:

AddHandler php5-cgi .phptest

Und die .php Datei, die Rechte braucht, die Endung .phptest verpassen.
Oder ihr benennt die Datei in .phpx um, dann sollte sie auch ohne jegliche .htaccess Änderungen laufen.